原告主張之理由：
被告對原告所申請免徵系爭土地之土地增值稅，原簽准先移稽核科審理後再發單，惟又未先移稽核科審理，即先准予免徵土地增值稅，待土地所有權移轉移轉登記完畢後，再由稽核科調查，撤銷原授益處分，核定補徵超過原告出售土地價款之鉅額土地增值稅，其撤銷原授益處分，違背誠信公平之原則，及違反行為時土地稅法第三十九條之二第一項、農業發展條例第二十七條之立法意旨。

被告主張之理由：
據上開契約條款中所訂之特約條款第壹條明訂：「雙方約定本標的以農業用地免稅為條件，如未能獲稅捐單位核准免稅時本約自動解約．．．」顯見原告之母有預設買受人若未能通過農業用地免稅規定時，原告之母得以拒絕履行契約之條件，是以系爭交易為雙方之明知所為自無信賴保護原則之適用。且原告之母堅稱買受人為吳傑明，僅依契約之約定將物權移轉其指定之蘇文聖，實已符合前揭財政部函釋所指「係第三者利用農民名義購買」之形式要件，依土地稅法第三十九條之二規定，農業用地免徵土增值稅要件之一為「移轉與自行耕作之農民繼續耕作者」，依土地稅法實質課稅原則及財政部八十年六月十八日台財稅第八○○一四六九一七號函釋等規定，系爭土地之移轉應無免徵土增值稅之適用。

農地買賣課徵土地增值稅之法律規定、財政部解釋之內容
修正前土地稅法第三十九條之二第一項規定：「農業用地在依法作農業使用時，移轉與自行耕作之農民繼續耕作者，免徵土地增值稅。」原免稅規定旨在配合農業發展政策，便利自行耕作之農民取得農地，俾擴大農場經營規模。惟於稽徵實務上，稅捐單位於審理農業用地移轉申請免徵土地增值稅案件時，常發現承受人非名實相符之農民，或核准免稅後發現承受人非農民，或第三者假藉農民名義來購買農地，於不准其所請或補徵原免徵稅額時，易引發徵納雙方爭議，行政救濟案件激增，不但增加承辦人員工作負荷，於稅收又無助益。據上分析，為防杜農地投機．維護社會正義及減少徵納雙方爭議，原免稅規定修正為不課徵，並取消自耕農身分限制，因此修正後土地稅法第三十九條之二第一項及第二項規定：「作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。前項不課徵土地增值稅之土地承受人於其具有土地所有權之期間內，曾經有關機關查獲該土地未作農業使用且未在有關機關所令期限內恢復作農業使用，或雖在有關機關所令期限內已恢復作農業使用而再有未作農業使用情事時，於再移轉時應課徵土地增值稅。」平均地權條例第四十五條亦有相同規定，其立法意旨係在貫徹耕者有其田之基本國策，防止農地由無自耕能力之人承受，以供耕地以外之用途，藉以發揮農地之效用，並且配合「放寬農地農有落實農地農用」之農業政策，獎勵農業生產。

按「作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。」「作農業使用之農業用地，經核准不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅、田賦者，直轄市或縣 (市) 主管機關應會同有關機關定期檢查或抽查，並予列管；如有第三十七條或第三十八條未依法作農業使用之情事者，除依本條例有關規定課徵或追繳應納稅賦外，並依第六十九條第一項規定處理。」「作農業使用之農業用地，經核准不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅、田賦者，直轄市或縣 (市) 主管機關應會同有關機關定期檢查或抽查，並予列管；如有第三十七條或第三十八條未依法作農業使用之情事者，除依本條例有關規定課徵或追繳應納稅賦外，並依第六十九條第一項規定處理。」為農業發展條例第三十七條第一項、農業發展條例第四十條及其施行細則第十五條第一項所明定。

財政部函釋：

一、八十二年十月七日台財稅第八二一四九八七九一號函釋規定：「…取得免徵土地增值稅之農業用地，如經查明係第三者利用農民名義購買，應按該宗土地原免徵之土地增值稅額補稅。」

二、八十二年十二月三十日台財稅第八二一五○四七六七號函釋規定：「主旨：農業用地移轉經核定免徵土地增值稅後，始發現承受人為非名實相符之農民，依有關規定補徵原免徵土地增值稅時，應就個案審酌當事人有無信賴保護原則之適用，以疏減訟源。說明：二、關於此類案件，稽徵機關應主動蒐集其信賴有不值得保護之具體證據，並詳述其認定之理由，以避免徵納雙方爭議，進而減少行政救濟訟源。」

『實質課稅主義』及其在實務上之運用
「實質課稅原則」在德國稱之為「經濟觀察法」，其適用範圍並非毫無限制，否則行政機關及司法機關如可任意援用實質課稅原則，據以課稅之依據時，則勢將任意侵犯人民自由權利，而流於感情法學。按所謂經濟觀察法係指有關租稅法律之解釋不得拘泥於所用之辭句，應就租稅法律之實質意義及經濟上意義為必要之考察之意。若所得之法律上歸屬名義人與經濟上實質享有人不一致時，於租稅法律之解釋上，毋寧以經濟上實質取得利益者為課稅對象，斯為實質課稅主義或稱實質課稅之原則。

適用實質課稅原則須形式上存在之事實與事實上存在之實質不一致，因而依形式課稅將發生不公平之結果，不能實現依照各人負擔租稅能力而課徵租稅之公平原則為要件。否則難免形成課稅權之濫用，甚至違反租稅法律主義之結果。若依學者所引實例以觀，所謂形式上存在之事實與事實上存在之實質不符，在稅捐客體之歸屬方面，係指私法上利益之取得人雖為甲之名義，實際上此利益係由乙取得，故依實質課稅原則，應對乙課徵所得稅，對於甲則否。

農地買賣課征土地增值稅案件，稅捐稽徵機關之作業實務
稅捐稽徵機關於收受申請文件後，應先追查購買農地者之資金來源，查明是否係第三者利用農民名義購買。八十六年九月十日台財稅第八六一九一五九二一號函釋 規定：「有關農業用地移轉經核定免徵土地增值稅後，始發現係第三人利用農民名義購買，依有關規定補徵原免徵土地增值稅時，參照本部八十二年十二月三十日台財稅第八二一五○四七六七號函釋，應就個案審酌當事人有無信賴保護原則之適用…」

行政程序法關於『誠信公平』原則於行政爭訟實務上之應用情形
行政機關對其已為之行政行為發覺有違誤之處分，而自動更正或撤銷者，固非法所不許。惟其自動更正或撤銷，應秉誠信公平之原則，倘有失於此，致損害人民權益時，則難免有權力濫用之嫌，依行政訴訟法第四條第二項規定，應以違法論（現改制為最高行政法院之前行政法院七十九年度判字第二○九五號判決參照）。

判決理由要旨
農業用地是否第三者利用農民名義購買，與農業用地買受人買受後，未作農業使用之情形不同，後者必待農業用地交易後始能查悉，故財政部規定稽徵機關應予列管五年，調查買受人有無繼續耕作，倘在五年內查獲其未繼續耕作者，即補徵其土地增值稅，於法尚無不合；然農業用地如係第三者利用農民名義購買，乃係發生在交易當時，稽徵機關如在事後尚能查悉，則其在核定是否准予免徵土地增值稅當時，應更容易查明，如稽徵機關在農民出售農地當時故意不為調查，即予准許，事後再予調查補徵土地增值稅，無異將將行政機關之稽核責任轉嫁予出賣人。

結論與評釋
本件被告於原告之母向其申報移轉系爭土地，並申請依行為時土地稅法第三十九條之二第一項規定免徵土地增值稅時，承辦人原簽意見為：「全案先移稽核科審理後再行發單」，並經其股長、審核員及主任同意，惟竟又未先移稽核科審理，即核定免徵土地增值稅，為兩造所不爭，則被告此項行政處分顯係授益處分，被告如欲更正或撤銷，應秉誠信公平之原則，本件被告竟不依原簽准意見，先移稽核科處理，即為授益行政處分核定免徵系爭土地增值稅，待土地所有權移轉登記完畢後，即由稽核科人員向原告調查土地交易實情，倘被告於其申請免徵土地增值稅時，即對之調查實際買受人，被告當時即可否准其免稅之申請，惟被告竟不依原簽准之方式辦理，先准其免稅，待其土地所有權移轉登記完畢後，再向原告補徵超過其買賣價額之土地增值稅，其撤銷原免徵土地增值稅之授益處分實難謂有秉誠信公平之原則，並嚴重影響原告之權益，且如前所述，撤銷原處分補徵鉅額土地增值稅之結果，反使吳傑明其後如不將系爭農地作農業使用，亦因前次移轉現值之大幅提高，而減少大筆原應負擔之土地增值稅，被告此項處分顯與行為時土地稅法第三十九條之二第一項及農業發展條例第二十七條之立法意旨相違，原處分難認為適法。

新舊法律之比較

資格限制：
修正前土地稅法第三十九條之二第一項規定「農業用地在依法作農業使用時，移轉與自行耕作之農民繼續耕作者，免徵土地增值稅。」亦即在身分資格上，限制在「自行耕作之農民」。修正後改為「作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。」資格放寬為「自然人」。農業發展條例第三十七條第一項以及平均地權條例第四十五條皆有相同規定。

罰責：
經核准免徵土地增值稅之土地，如經查明於完成移轉登記後，有不繼續耕作或變更為非農業使用後再移轉之情形，舊法時代係依土地稅法第五十五條之二規定，處以原免徵土地增值稅額二倍之罰鍰處分；後隨同農業發展條例之修正，刪除土地稅法第五十五條之二，同法第三十九條之二第二項規定「前項不課徵土地增值稅之土地承受人於其具有土地所有權之期間內，曾經有關機關查獲該土地未作農業使用且未在有關機關所令期限內恢復作農業使用，或雖在有關機關所令期限內已恢復作農業使用而再有未作農業使用情事時，於再移轉時應課徵土地增值稅。」農業發展條例第三十七條第三項以及平均地權條例第四十五條第二項，亦有相同規定。

應附文件：
依舊土地稅法第三十九條之二第一項申請免徵土地增值稅者，依下列規定辦理：

一、耕地：由申請人於申報土地移轉現值時，檢附土地登記簿謄本、主管機關核發之農地承受人自耕能力證明書影本，送主管稽徵機關。

二、耕地以外之其他農業用地：由申請人於申報移轉現值時，檢附土地登記簿謄本、承受人戶籍謄本、繼續作農業使用承諾書，送主管稽徵機關。

修正後應檢附下列規定證明文件：

一、農業用地：應檢附直轄市、縣 (市) 農業主管機關核發之農業用地作農業使用證明文件。

二、農業用地經依法律變更編定為非農業用地，在依法應完成之細部計畫尚未完成，無法依變更後之用地使用，經上開法律主管機關認定仍應依原來農業用地使用分區別或用地別管制使用者：應檢附各該法律主管機關核發仍應依原來農業用地使用分區別或用地別管制使用之證明文件，及直轄市、縣 (市) 農業主管機關核發之作農業使用證明文件。